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Por lo general, cuando el médico sospecha de una enfermedad infecciosa gastrointestinal como la salmonella, maneja como primera opción el cultivo microbiológico y pruebas bioquímicas para la identificación de bacterias intestinales. El proceso para permitir el crecimiento y aislamiento de la salmonella es un proceso que dura de dos a tres días. Además, el diagnóstico completo requiere de la determinación de la susceptibilidad a antimicrobianos. Lo anterior implica una mayor cantidad de días para emitir resultados. En comparación con el diagnóstico microbiológico y serológico, el diagnóstico por biología molecular de las enfermedades gastrointestinales permiten al médico obtener un diagnóstico certero con mayor rapidez y por tanto comenzar el tratamiento con el antibiótico específico para esa bacteria y mejorar al paciente con mayor rapidez.